В данной работе рассмотрен механизм адресной доставки и сортировки РНК во внеклеточных везикулах к целевым клеткам. На основе механизма сборки и упаковки вирусных частиц, предложена уникальная система, которая обладает низкой иммуногенностью, в отличие от технологии вирусной доставки геннотерапевтических конструкций. Помимо этого, рассматриваемая система обладает высокой степенью специфичности, благодаря использованию вирусного белка слияния с целевыми клетками.

Three-dimensional cancer organoids offer a promising tool for drug screening and personalized treatment of NSCLC. However, prolonged cultivation and changes in cellular composition can affect their predictive power. A new scaffold-based technology reduces the growth period to two weeks with a 100% probability, providing a valuable model for studying primary NSCLC tumors' cellular composition, morphology, and predicting the efficacy of chemotherapeutic agents. 

 In this research we characterize a new protein-protein interaction between p73 and NAC1, and studied a diversity of TAp73a - ΔNp73b protein-protein interactions in different stress conditions in vivo using chimeras between p73 or NAC1 and split protein  (SplitFast) that became fluorescent when chimeras interact. 

    Клетки линий MCF-7 и MDA-MB-231, являющиеся моделями рака молочной железы (РМЖ) различных молекулярных подтипов, по-разному реагируют на гипертермию на уровне экспрессии исследуемых генов. Полученные данные позволяют предполагать, что гипертермия может способствовать активации процесса эпителиально-мезенхимальной транзиции в клетках РМЖ, что может способствовать увеличению пула опухолевых стволовых клеток в популяции, поскольку эти процессы тесно взаимосвязаны.

В представляемой работе мы показываем, что в клетках B. subtilis происходит репарация двуцепочечного разрыва хромосомы по пути негомологичного соединения концов, без участия гомологичной ДНК, с образованием вставок и делеций неконтролируемого размера в заданном локусе. Двуцепочечный разрыв хромосомы вносится в запрограммированных местах с использованием ранее созданной нами системы CRISPR/Cas12a.

Клонирование генов с потенциально токсичными продуктами требует использования индуцируемых промоторов с хорошей репрессией. В данной работе мы проводим тонкую настройку репрессии промотора Ptac, для клонирования cas нуклеаз и рекомбиназ с последующим использованием в клетках Corynebacterium glutamicum.

Проведенное исследование позволяет оценить перспективность использования в системе редактирования генома CRISPR/Cas9 белков репликации бактериофагов: SSB-белков и экзонуклеаз.

Работа посвящена оптимизации методики поиска и выделения антиген-специфичных клеток путем их стимуляции антигеном in vitro. Было изучено: какие клетки перезентируют пептидные антигены CD4+ Т-лимфоцитам, какие маркеры наиболее селективны по отношению к антиген-специфичным клеткам и при каких условиях происходит преимущественная активация хелперных или регуляторных клеток. Данные результаты были использованы для выделения клеток, специфичных к опухолевым антигенам и аутоантигенам диабета 1 типа.

В данной работе определяется клеточная лигаза, необходимая для завершения процесса адаптации в системе CRISPR-Cas типа I-E.

L-валин - незаменимая аминокислота, содержание которой в кормах крайне важно для сельскохозяйственных животных. В данной работе на базе лизин-продуцирующего штамма Corynebacterium glutamicum был получен штамм, способный к продукции валина. Также у полученного штамма были исследованы различные варианты модификаций генов биосинтеза валина и их влияние на продукцию этой аминокислоты.

The work provides protection against HIV-1 infection in modified and non-modified permissive HEK293T/CD4/R5 cells. It was done through generating two cell lines: HEK293T/MT-C34-1 and HEK293/MT-C34-2. The first cell line released the HIV-1 fusion inhibitory peptide MT-C34 into the extracellular space, the second one expressed both the secreted and membrane-bound variant of this peptide. MT-C34 can prevent the infection via its interaction with HIV-1 envelope, thus, prevent HIV-1 penetration.

В лаборатории анализа метагеномов были получены штаммы E. coli,
устойчивые к инфекции фагом T7. Данные штаммы имеют слизистую оболочку, которая, вероятно, препятствует адсорбции фаговых частиц. Было проведено полногеномное секвенирование выживших мутантов, ответственных за приобретение резистентности к бактериофагам с целью выявления механизма её действия.

Modification of the cell surface with artificial nano/microparticles  containing biologically active payloads usually enables drug targeting via harnessing intrinsic cell tropism to the sites of injury. In this study, we conjugated PLGA microparticles loaded with multifunctional antioxidant enzyme peroxiredoxin-1 (Prx1) to the surface of fibroblasts. Wefound that PLGA/Prx1 backpacks increased resistance of fibroblasts to oxidative stress and attenuated cell senescence.

 

Aging is a complex process related with the gradual diminution in cellular and physiological functions. Aging results from the accumulation of a wide variety of molecular and cellular damage over time including but not limited to lipofuscin, lipid and protein carbonyl accumulation.

Разработан метод получения 3D моделей кожи путем совместного культивирования фибробластов и кератиноцитов. Показана возможность применения разработанного метода для первичных клеток мышей, крыс и человека. Результаты иммуногистохимии образцов 3D моделей свидетельствуют о терминальной дифференцировки кератиноцитов к 5 дню культивирования на границе среда/воздух. Использование эквивалентов кожи ускоряет процесс заживления  механических ран на мышиной модели.

Multidrug Resistance (MDR) Pumps a process where molecules, especially antibiotics are pumped from inside bacterial cells to outside, this done by molecular machines called efflux pumps. The study in the experiment the role of TolC-containing MDR pumps, more clearly the AcrAB-TolC pump, the main pump of Escherichia coli & to investigate wild type and different deletion mutants of MDR pumps by using various sub-lethal concentrations and incubation times with different antibiotics.

Митохондрии играют важную роль в обеспечении энергией и метаболизме эукариотических клеток.  Нормальное функционирование митохондрий зависит от потенциала внутренней митохондриальной мембраны, окислительно-восстановительного баланса и обеспечивает регуляцию ключевых сигнальных путей. В данной работе была проверена способность трех сигнальных последовательностей обеспечивать экспрессию родопсинов в мембране митохондрий, чтобы расширить набор инструментов митохондриальной оптогенетики

У D. melanogaster в локусах проапоптотического гена reaper описаны р53-зависимый энхансер, активирующий ряд генов в других локусах. p53RE также индуцирует ген Xrp1, находящийся более чем в 20 Mb от энхансера. Проводится поиск последовательностей ДНК и белковых факторов, отвечающих за дальние взаимодействие р53-зависимого энхансера с генами-мишенями в геноме. Показано, что области, расположенные вблизи энхансера, необходимы для формирования дальних взаимодействий этого элемента с генами-мишенями.

мы изучаем проблему неравномерного распределения митохондрий с разным мембранным потенциалом в нейронах. Мы также проверяем гипотезу, что белок виментин участвует в этом распределении.

Для этого мы используем культуру нейронов, а также применяем методы РНК-интерференции, флуоресцентной микроскопии и покраски живых клеток митохондриальным потенциал-чувствительным красителем.

В последние годы стало очевидным, что микробиом здорового человека может служить источником фармакобиотиков для профилактики и лечения заболеваний различной этиологии. В данной работе были  определены уникальные метаболиты внеклеточных везикул и культуральной жидкости штамма Limosilactobacillus fermentum U-21, выделенного из организма взрослого здорового человека, rкоторый обладает иммуномодулирующей активностью.

Бактериофаги представляют собой самую многочисленную группу живых объектов в морских системах. Несмотря на огромный вклад этих вирусов в биогеохимические процессы морей и океанов, фаги остаются одними из наименее изученных морских объектов. В рамках данной работы было проведено выделения бактериофагов из различных источников на территории ББС МГУ, получены препараты отдельных фагов с высокими значениями биологического титра, методом электронной микроскопии изучена структура фаговых частиц.

Using termi-luc assay , we studied the effect of poly A tail on pretermination complex assembly on  N-luciferase mRNAs with differents stop codons.

В данном исследовании мы сопоставили два способа оценки количества эозинофилов - проточную цитометрию и дифференциальное окрашивание цитологических препаратов. В связи с тем, что данные, получаемые с помощью них различаются, целью стало настроить идентификацию эозинофилов при помощи проточной цитометрии таким образом, чтобы результаты воспроизводились при оценке доли эозинофилов с использованием дифференциально окрашенных цитологических образцов.

Исследование влияния наночастиц, обладающих поверхностным плазмонным резонансом, на клеточные линии SKOV-3, CHO, A549, HEK293 и сформированные из них сфероиды в процессе фототермии и без воздействия лазером для дальнейшего использования в биопечати объектов со сложной геометрией

Работа посвящена изучению активности и роли в терминации трансляции второй изоформы eRF1 человека. 

Жирные кислоты играют важную роль в организме человека, однако их действие на клетки изучено недостаточно. Данная работа посвящена влиянию различных жирных кислот с длинной цепью на клеточный метаболизм человека, включая гликолиз, активацию лизосома, накопление липидов и др.

Работа посвящена изучению влияния инактивации генов изомераз rpiA и rpiB и эпимеразы rpe, участвующих во взаимном превращении пентозофосфатов, на чувствительность клеток E. coli к антибиотикам.

Целью нашей работы было изучение влияния экспрессии мутантных вариантов гена инсулина, выявленных в ходе молекулярно-генетического исследования у детей с перманентным неонатальным сахарным диабетом и диабетом типа MODY, на индукцию путей стрессового ответа клеток. С помощью люциферазного репортерного анализа мы оценили активацию этих путей в ответ на синтез мутантного инсулина.

Данная работа направлена на оценку эффективности аденоассоциированного вируса (серотип Olig001) для доставки кДНК гена ARSA в клетки нервной системы свиней в качестве потенциального подхода к лечению метахроматической лейкодистрофии (МЛД). Преимущество серотипа Olig001 связано с его высокым тропизмом к клеточной поверхности олигодендроцитов, где синтезируются сульфатиды (субстрат ARSA).

В данной работе предлагается метод оценки эффективности работы средств оптогенетики лизосом с помощью окраски лизосом красителем Magic Red CTSB и пермеабилизации их мембраны реактивом LLOMe с последующей отмывкой клеток от LLOMe. 

Мы показали, что экспрессия мРНК гена ERICH3 повышается при добавлении тиоридазина - антипсихотического препарата, который, согласно имеющимся в литературе и нашим собственным данным, активирует образование первичной реснички. Исходя из полученных нами данных, можно предположить, что изоформы белка ERICH3 участвуют в передаче регуляторных сигналов через первичную ресничку. 

У дрозофилы гуморальный врожденный иммунный ответ характеризуется экспрессией антимикробных пептидов (AMPs). Экспрессия генов AMPs контролируется эволюционно консервативными сигнальными путями Toll и IMD. Для поиска оптимальных условий активации генов AMPs в клеточной линии D. melanogaster - Schneider (S2), мы использовали различные концентрации инактивированных культур E. coli, M. luteus, а также спор M. anisopliae. Более того, мы изучили другие аспекты иммунного ответа. 

Новый метод исследования клеточного цикла — репортер FUCCI-PIP позволяет отслеживать динамику клеточного цикла на уровне отдельных клеток. Также современные методы распознавания изображений делают возможным получение большого количества морфологических параметров методами флуоресцентной микроскопии. На основе двух этих решений создана панель клеток исследования и предсказания действия противораковых препаратов.

В работе проанализирована связь между механобиологией клеточного метастазирования и эффективностью эндоцитоза исходными и выжившими после воздействия ионизирующего излучения клетками НМРЛ (A549, H1299). Была оценена их способность инкапсулировать флуоресцентные частицы. Для подтверждения гипотезы о том, что существует связь между высоко-инвазивным и эффективно эндоцитирующим фенотипами раковых клеток мы провели анализ миграционной активности этих клеточных линий.

Одним из потенциальных подходов к лечению ВИЧ-инфекции является генная терапия с использованием технологии CRISPR/Cas. В данной работе на основе ранее опубликованной системы NanoMEDIC мы создали вирусоподобные частицы для доставки в клетки нуклеазы Cas12a с гидовыми РНК против генов CXCR4 и CCR5, продукты которых отвечают за проникновение ВИЧ в клетки. 

В данной работе мы исследовали влияние белков CDK8 и CDK19 на продолжительность жизни и фертильность самцов мышей. Мы выявили характерный фенотип у одновременного нокаута CDK8/19, а также нарушения сексуального поведения у одиночного нокаута CDK8 и нокаута CDK8/19. Кроме того, мы обнаружили нарушения сперматогенеза у двойного нокаута и изучили его механизм.

Цель работы – создание технологии визуализации нескольких белков в белковом комплексе одновременно. Это достигается за счет создания нанометок – химически связанных наночастиц и антител к исследуемым белкам. Антитела присоединяются к нужным белкам, а сшитые с ними наночастицы детектируются на электронном микроскопе с высоким разрешением. Применяя наночастицы различных металлов, можно получить точную информацию о составе и пространственном строении таких комплексов.

В данной работе разрабатывается технология механического воздействия на компоненты цитоскелета клетки с помощью модифицированных магнитных наночастиц. Технология предназначена для изучения цитоскелета, ассоциированных с ним патологий и путей клеточного сигналинга. Работа содержит описание принципов действия технологии, процесса создания и проверки протоколов, а также результатов применения.

В рамках данной работы была проведена направленная биоселекция онколитического штамма вируса Коксаки Б5 на клеточной культуре HEK293T-ΔCXADR-ΔIFNAR1 с использованием двух противовирусных препаратов. Адаптированный вирусный штамм не использует Коксаки и аденовирусный рецептор для проникновения в клетки, слабо инактивируется антителами к исходному вирусу и потенциально может быть применён в составе двухкомпонентной вирусной терапии.

В работе для повышения иммунитет-опосредованного онколитического действия  был получен рекомбинантный штамм вируса осповакцины (LIVP), экспрессирующий бета-субъединицу бактериального флагеллина (FlaB) Vibrio Vulnificus. Литическую активность рекомбинантного штамма исследовали на мышиных клеточных моделях и на иммортализованных макрофагах RAW264.7. Также был разработан протокол наработки и очистки FlaB в трансформированных компетентных бактериях E.coli штамм Rosetta.

В данной работе были получены штаммы вируса осповакцины, экспрессирующие человеческий или мышиный IFNα и tagRFP. Для обоих штаммов была проведена оценка функциональной активности экспрессируемого белка классическим тестом с использованием вируса везикулярного стоматита (VSV). В эксперименте in vivo помимо эффективного противоопухолевого действия, было показано увеличение количества СD8⁺ и СD4⁺ клеток в опухоли.

В работе проведено сравнение онколитических свойств двух рекомбинантных штаммов вируса осповакцины на основе штаммов ЛИВП и MVA. Репликативную кинетику и онколитическую активность полученных рекомбинантных штаммов исследовали in vitro и in vivo на клеточных линиях и мышиных аллографтах.

Поддержание гомеостаза pH в клеточных компартментах важно для оптимального функционирования и физиологии клеток. Таким образом, оптогенетическое изменение внутриклеточного pH может стать многообещающим инструментом изучения роли pH в патологических и физиологических клеточных процессах. В этой работе с помощью оптогенетических инструментов мы продемонстрировали опосредуемое светом защелачивание и закисление цитозоля и митохондрий клеток HeLa.

Было проведено исследование влияния котрансфекции плазмидой AAP2 на эффективность сборки 18 синтетических вирусных векторов, представляющих интерес для разработки генной терапии. В результате один вектор продемонстрировал двухкратное улучшение эффективности сборки при котрансфекции AAP. Также были проведены трансфекции всех природных серотипов AAV, используемых в создании синтетических AAV, для изучения разницы в эффективности сборок между синтетическими и природными серотипами.

Данная работа посвящена исследованию противораковой активности новых  препаратов, синтезированных на основе пигмента фаскаплизина, выделенного из губки Fascaplysinopsis. В ходе исследований была установлена чувствительность клеток лейкозов к данным препаратам и показано, что они проявляют цитотоксический эффект в отношении злокачественных клеток. Показано, что некоторые из галогенпроизводных фаскаплизина вызывают замедление прохождения G2 фазы клеточного цикла и индукцию апоптоза.

Получение репликативно-компетентного ретровирусного вектора, не подверженного эпигенетическому замалчиванию.

Наше исследование посвящено изучению механизма транс-сплайсинга локуса mod(mdg4) у Drosophila melanogaster. Поиск регуляторных элементов, за счет которых появляется возможность нарушить типичную программу созревания транскрипта, приблизит понимание механизма транс-сплайсинга у высших эукариот и  расширит общее понимание процессов альтернативного сплайсинга и его регуляции.

В работе рассмотрены возможные причины формирования регулярных колец в бляшках умеренного колифага Hf4s, выделенного из микробиома кишечника лошадей. Наиболее вероятной причиной морфогенеза кольчатого паттерна является повышенная эффективность лизогенизации при множественном инфицировании клетки фагом, которая приводит к пространственным колебаниям как концентрации вируса, так и плотности газона лизогенов внутри бляшки.

Мы разработали мультивалентные ДНКзимы, как модификацию классических ДНКзимов Дз 10-23, каталитически расщепляющие РНК целевых генов с повышенной до 15-ти раз эффективностью. В работе описывается исследование влияния числа и связывания ДНКзимов в составе одной молекулы на эффективность расщепления РНК, а также влияние  нуклеотидных замен на специфичность связывания и расщепления РНК. Мы считаем, что наша модификация будет перспективным инструментом для терапевтического нокдауна генов.

Изучены эффекты супер-экспрессии генов флуоресцентных белков turboGFP и turboRFP в штамме R. qingshengii ТА37. Задачами были оценка светимости клеток и влияние синтеза больших количеств белков на скорость роста культуры. Плазмидные штаммы культивировали в жидкой среде, и измеряли оптическую плотность культуры, удельную флуоресценцию клеток.

В рамках данной работы была создана уникальная модель получения опухолевых клеток, устойчивых к цитотоксической активности клеток врожденного иммунитета и имеющих тенденцию к повышенной скорости пролиферации. На основании полученных данных были определены генетические детерминанты, потенциально влияющие на устойчивость опухолевых клеток к иммунотерапии.

В ходе данного исследования подтвердилась возможность использования скаффолдов на основе полиакриламида и хитозана для 3D-культивирования клеток. Был произведен засев двух клеточных культур в синтезированные трехмерные структуры, а также была проверена цитотоксичность этих образцов.

eIF4G is a subunit in eIF4F which is a trimeric multiprotein that plays a vital role in initiation of translation. In this work we focused on studying its role in the termination of translation process specifically in the peptide release from the ribosomes.

In this study, we designed a new method to increase the selection efficiency of the gene-editing technology Prime Editing, by using a selection approach includes (BFP to GFP conversion) to increase the precentage of edited cells in GFP flourescent cells.

Данная работа посвещена изучению иммунитета бактерий, а в частности - защитным системам бактериофага, обладающего умеренным жизненным циклом.

В работе изучаются 3 защитные системы бактериофага P2 - Old, Tin, FunZ. Исследуются, как механизмы активации "иммунитета", так и "иммунный" ответ.